免疫系に示す抗原としてウイルス性物質を接種しない。ウイルス中の特定のタンパク質を分離して接種する、などの方法がある。この方式の弱点は、分離したタンパク質が変質する可能性があり、その場合ウイルスに対応するものとは別の抗体が作られてしまうと言うことである。他のサブユニットワクチンには組み替え型ワクチンがある。これは対象となるウイルスのタンパク質遺伝子を別のウイルスに注入する方法である。この第二のウイルスはタンパク質情報を発現するが、病気のリスクはない。この種のワクチンは現在肝炎ワクチンに用いられており、エボラウイルスやHIVなど、予防接種が難しいウイルスに対するワクチンを作るため、さかんに研究されている<ref> Department of Veterinary Science & Microbiology at The University of Arizona Vaccines by Janet M. Decker, PhD</ref>。